水產(chǎn)芽孢桿菌產(chǎn)生的抵菌物質(zhì)種類有較多，除了有機酸、過氧化氫和酯類物質(zhì)外研究較多的是菌類素和抵菌肽。

1、抵菌肽：

　　根據(jù)芽孢桿菌產(chǎn)生脂肽類抵菌物質(zhì)的結(jié)構(gòu)及其帶電性質(zhì)，將其分為環(huán)狀陽離子脂肱、環(huán)狀非陽離子脂肽和線性陽離子脂肽。

　　其中環(huán)狀陽離子脂肽的C末端，被酰胺鍵離子化脂質(zhì)末端和酰化的N末端氨基酸相接。陽離子電荷一般來自24-二氨基苯甲酸殘基(Dab)。

2、菌類素：

　　菌類素是由核糖體合成的小分子多肽或蛋白，對同種近綠菌株的生長具有一定的抵御作用，為它們在食品和醫(yī)藥中的應(yīng)用提供了前提。

根據(jù)水產(chǎn)芽孢桿菌所產(chǎn)菌類素的結(jié)構(gòu)將其分成3類：

　　第Ⅰ類為經(jīng)核糖體合成翻譯后修飾的羊毛硫菌類素，其結(jié)構(gòu)中含有羊毛硫氨酸這是羊毛硫菌類素越顯明的特點。第Ⅰ類菌類素又分成3種:la具有線性結(jié)構(gòu)，帶正電荷;b具有球形結(jié)構(gòu)帶負(fù)電荷或不帶電；le既具有線性結(jié)構(gòu)也具有球形結(jié)構(gòu)。

　　第Ⅱ類菌類素為非羊毛硫菌類素或未修飾的多肽。這種菌類素又可分為4種:Ila片球菌素類Ih由單獨的2條多肽組成的菌類素；Ile沒有前導(dǎo)序列通過See途徑分泌。Id為非片球菌素類的雜肽。

　　第Ⅲ類菌類素為熱敏銳大分子分為溶菌類菌類素(Il)和非溶菌類菌類素(IIb)。菌類素分類系統(tǒng)能為相關(guān)的研究提供許多有利的信息，但由于菌類素的多樣性和結(jié)構(gòu)信息的缺乏，使得該分類系統(tǒng)還需要進一步完善。

羊毛硫菌類素：

　　有學(xué)者從水產(chǎn)芽孢桿菌OSYDF發(fā)酵產(chǎn)物中分離出一種分子量為2983Da的羊毛硫菌類素(Paenibacillin)，該菌類素能抵御革蘭氏陽性菌生長，包括某些食源性致疾菌和腐生菌。有學(xué)者對Paenibacillin生物合成途徑進行了研究，為該菌類素藥物的生產(chǎn)提供了理論支持。